粤东上升流区生态系统综合观测站由原有的汕头海洋实验站整体转型建设，站内建有1047平方米的办公楼和804平方米的实验楼共4栋，设置有海洋植物人工栽培模拟实验室、海洋生态环境观测实验室、生物化学实验室、海水化学实验室、生物与生态学实验室、精密仪器室等。有开展近海调查与实验的各类仪器设备，主要包括：浪龙剖面流速仪、阔龙剖面流速仪、AXYS加速度测波仪、YSI多参数水质监测仪、水下光度计、采水器、采泥器、GPS定位仪等海上调研、样品采集设备和设施；实验室有NIKON倒置显微镜、BECKMAN高速离心机、色谱仪、荧光分光光度计、气相色谱仪以及完善的微藻和微生物培养和研究设备实验室内配有无菌操作台、光照培养箱、干燥箱、解剖镜、高压灭菌锅、电子天平等常规试验仪器。能满足海洋生态网络监测、综合观测研究站试验、观测和对外开放的需要。