粤东海域存在错综复杂的海洋动力过程，夏季沿岸存在风生上升流，冬季则受到闽浙沿岸流的影响。粤东上升流主要由西南季风驱动，通常发生于夏季，七月中旬最强。受上升流的影响，粤东沿岸海域在此期间表层海水会出现低温、高盐现象，营养盐和浮游植物的最大浓度分布会出现上移。粤东上升流带来的丰富营养物质促进了著名的台湾浅滩渔场的形成，是我国海洋渔业捕捞的核心区域之一，有研究认为全球1%左右的上升流海区提供了全球高达50%的渔获量。闽浙沿岸流对粤东海域的影响主要在发生在冬季，影响范围与东北季风的风应力大小有关，冬季低温、低盐和富含营养盐的闽浙沿岸流也极大提升了粤东近岸海域的初级生产力，为粤东近海丰富的大型海藻生长提供了营养保障。

粤东海域处于热带与亚热带的交汇区，是南海珊瑚群落分布的最北界，且具有大型海藻场、海草床、红树林等丰富的海洋生态系统类型、具有较高的生物多样性。另外，相关研究表明，粤东海域是一个存在多种锋面的海洋生态交错区，对海洋动力过程和气候变化的影响都比较敏感；例如，粤东上升流的强度以及闽浙沿岸流的强度和影响范围与厄尔尼诺/拉尼娜（ENSO）等气候事件密切相关，会导致渔场鱼汛和大型海藻资源显著的年际及季节波动。